Οι κυριότερες μυκητολογικές ασθένειες του υπέργειου και υπόγειου τμήματος των κολοκυνθοειδών είναι:
Ο περονόσπορος που προκαλείται από τον μύκητα Pseudoperonospora cubensis.
Το ωίδιο που προκαλείται από τους μύκητες Sphaerotheca fuliginea, Erysiphe cichoracearum και Leveillula taurica.
Η αλτερναρίωση που οφείλεται στον Alternaria alternata. Η κομμιώδης σήψη του στελέχους που οφείλεται στον μύκητα Didymella bryoniae (= Mycosphaerella bryoniae).
Η φαιά σήψη από το Botrytis cinerea.
Οι αδρομυκώσεις από τους μύκητες Fusarium oxysporum f.sp. cucumerinum και Fusarium solani f.sp. cucurbitae (φουζαριώσεις) από τους μύκητες Verticillium albo-atrum και Verticillium dahliae (βερτισιλιώσεις).
Οι κυριότερες βακτηριολογικές ασθένειες που απασχολούν την καλλιέργεια των κολοκυνθοειδών είναι:
Η βακτηριακή κηλίδωση των κολοκυνθοειδών που οφείλεται στο βακτήριο Pseudomonas viridiflava.
Η γωνιώδης κηλίδωση των κολοκυνθοειδών που οφείλεται στο Pseudomonas syringae pv. Lachrymans.
Η βακτηριακή σήψη του στελέχους των κολοκυνθοειδών που οφείλεται στα βακτήρια Erwinia carotova subsp, carotovora, Erwinia chrysanthemi και Pseudomonas sp.
Η βακτηριακή μάρανση των κολοκυνθοειδών από το Erwinia tracheiphila.
Η προσβολή ξεκινά από τα σέπαλα των ανθέων και επεκτείνεται στους καρπούς με υγρή σήψη στο σημείο πρόσφυσης του μίσχου. Στα φύλλα και στους μίσχους σχηματίζονται ανοιχτοπράσινες κηλίδες που γίνονται καστανές και υδαρείς και τα φύλλα κρέμονται. Στο βλαστό ο βοτρύτης μπορεί να μπει από τις πληγές του κλαδέματος ή άλλων αιτιών και δημιουργεί ξηρό, μπεζ έλκος που μπορεί να σπάσει το βλαστό όταν το περιβάλλει τελείως. Όταν το περιβάλλον είναι πολύ υγρό, σε όλους τους προσβλημένους ιστούς αναπτύσσεται γκρίζα εξάνθηση.
Στους πράσινους καρπούς και σε περιβάλλον με σχετικά μικρή σχετική υγρασία δημιουργούνται λευκά δακτυλίδια με γκρίζο κέντρο (κηλίδες - φαντάσματα) από σπόρια του βοτρύτη που έχουν βλαστήσει αλλά δεν έχουν προκαλέσει μόλυνση.
Γι΄αυτό πρέπει να παίρνονται μέτρα με σκοπό τη μείωση της σχετικής υγρασίας, όπως καλός αερισμός, αραιή φύτευση, κανονικό κλάδεμα και ξεφύλλισμα. Επίσης συνιστάται εφαρμογή θέρμανσης, ώστε τα φυτά να στεγνώνουν γρήγορα, να αφαιρούνται έγκαιρα οι πλάγιοι βλαστοί για να μη δημιουργούνται μεγάλες πληγές και να αφαιρούνται οι νεκροί ιστοί και τα προσβλημένα όργανα.
Το παθογόνο Phytophthora infestans προσβάλλει κυρίως τα τρυφερά μέρη του φυτού και τα ζωηρά φυτά, αργά το φθινόπωρο ή νωρίς την άνοιξη.
Πρώτα προσβάλλονται τα άκρα των φύλλων, όπου σχηματίζονται ελαιώδεις κηλίδες που μετά γίνονται καστανές. Οταν υπάρχει υψηλή σχετική υγρασία και χαμηλές θερμοκρασίες οι κηλίδες επεκτείνονται σε όλο το έλασμα, στο μίσχο και στο στέλεχος, ενώ με ξερό καιρό δεν αναπτύσσονται, ξεραίνονται και θρυματίζονται. Με υγρό καιρό στην κάτω επιφάνεια των φύλλων και στην περιφέρεια των κηλίδων αναπτύσσεται υπόλευκη εξάνθηση που χαρακτηρίζει την προσβολή από περονόσπορο.
Οι μίσχοι των φύλλων κάμπτονται και τα φύλλα κρέμονται, ενώ όταν η προσβολή είναι έντονη ξεραίνονται ολόκληρα τα φυτά. Στους πράσινους καρπούς δημιουργούνται ελαιώδεις ακανόνιστου σχήματος κηλίδες και στη συνέχεια οι καρποί σαπίζουν από δευτερογενή προσβολή από άλλους μικροοργανισμούς.
Η εξάνθηση του μύκητα ευνοείται από σχετική υγρασία 90 - 100% και θερμοκρασία 16 - 22 οC και η μόλυνση νέων φυτών έχει άριστη θερμοκρασία τους 20 - 25 οC.
Η αντιμετώπιση του περονόσπορου γίνεται με την εφαρμογή καλλιεργητικών μέτρων που αποσκοπούν στη μείωση της σχετικής υγρασίας και στο γρήγορο στέγνωμα των φυτών, καθώς και στη μείωση των μολυσμάτων με την απομάκρυνση και καταστροφή των υπολειμμάτων της καλλιέργειας και την απομάκρυνσης των προσβεβλήμενων φύλλων.
Για την καταπολέμηση του περονόσπορου γίνονται ψεκασμοί με χαλκούχα σκευάσματα (οξυχλωριούχος χαλκός, ο μεταλλικός χαλκός και βορδιγάλειος πολτός) σε περιορισμένες δόσεις και εφαρμογές.
Ψεκασμός των φυτών μόλις εμφανισθούν τα πρώτα συμπτώματα με επιτρεπόμενα φυτοπροστατευτικά σκευάσματα. Επανάληψη του ψεκασμού μετά 8 ημέρες.
Η ασθένεια αυτή εμφανίζεται συνήθως το φθινόπωρο και την άνοιξη και οι μολύνσεις ευνοούνται σε θερμοκρασία 18 - 25 οC και σχετική υγρασία 55 - 70% ή και μικρότερη.
Τα πρώτα συμπτώματα εμφανίζονται στα κατώτερα φύλλα. Στην πάνω επιφάνεια τους σχηματίζονται κιτρονοπράσινες έως έντονα κίτρινες γωνιώδεις κηλίδες και αντίστοιχα στην κάτω επιφάνεια λευκή εξάνθηση. Οταν οι κηλίδες συνενωθούν ή επεκταθούν αποξηραίνεται μεγάλο μέρος του ελάσματος, τα φύλλα καρουλιάζουν και βαθμιαία προσβάλλονται και τα ανώτερα φύλλα.
Κατά τη διάρκεια της άνοιξης έχουν παρατηρηθεί προσβολές και από άλλο ωίδιο του γένους Erysiphe, που προκαλεί λευκή εξάνθηση στην πάνω επιφάνεια των φύλλων.
Η οικολογική αντιμετώπιση του Ωιδίου βασίζεται:
Στις επεμβάσεις με θείο. Το θείο χρησιμοποιείται με τη μορφή επιπάσεων και ψεκασμών.
Οι αδρομυκώσεις οφείλονται στο Fusarium oxysporum f.sp. lycopersici (φουζαρίωση), στο Verticillium dahilae και Verticillium albo-atrum (βερτισιλίωση). Η φουζαρίωση παρουσιάζεται κυρίως το φθινόπωρο, άνοιξη και καλοκαίρι, ενώ η βερτισιλίωση το χειμώνα και φθινόπωρο, επειδή ευνοείται από χαμηλές θερμοκρασίες. Φυτά με περίσσεια αζώτου, έλλειψη ασβεστίου ή καλίου είναι ευαίσθητα στις αδρομυκώσεις. Τα παθογόνα των αδρομυκώσεων διατηρούνται στο έδαφος και στα φυτικά υπολείμματα για μεγάλο χρονικό διάστημα.
Από τη φουζαρίωση τα φυτά προσβάλλονται σε οποιοδήποτε στάδιο ανάπτυξης, ενώ η βερτισιλίωση εμφανίζεται κυρίως από το δέσιμο των καρπών. Χαρακτηριστικό σύμπτωμα των αδρομυκώσεων είναι ο γκρίζος μεταχρωματισμός των αγγείων που παρατηρείται όταν κάνουμε τομή στο στέλεχος. Τα προσβλημένα φυτά μαραίνονται, τα φύλλα τους κιτρινίζουν και τελικά ολόκληρο το φυτό ξεραίνεται.
Οι αδρομυκώσεις αντιμετωπίζονται με απομάκρυνση και καταστροφή των υπολειμμάτων της προηγούμενης καλλιέργειας, χρήση υγιούς σπόρου, αποφυγή μεταφοράς μολύσματος από θερμοκήπιο σε θερμοκήπιο ή από υπαίθρια σε υπαίθρια με τα εργαλεία, νερό άρδευσης κλπ., αποφυγή άρδευσης με αλατούχα νερά επειδή ευνοούν την ανάπτυξη του φουζάριου και ισορροπημένη λίπανση με κάλιο, ασβέστιο και άζωτο. Ακόμη μπορούν να χρησιμοποιηθούν ανθεκτικά υβρίδια και ποικιλίες, όμως σε πολύ μολυσμένα εδάφη και σε έντονες προσβολές από νηματώδεις χάνεται η ανθεκτικότητά τους.